Bosetningene på Svalbard ble ikke direkte berørt av det tyske angrepet på Norge 9. april 1940, de påfølgende kamphandlingene og kapitulasjonen. Etter at den norske regjering og kongehus flyktet til London i juni 1940 fortsatte driften som da krigen startet.  

Etter det tyske angrepet på Sovjetunionen 22. juni 1941 endret dette seg. De allierte evakuerte alle som var på Svalbard (utenom Anders Halvorsen) i månedsskiftet august/september 1941. Alle sovjetiske ble først sendt til Arkhangelsk med cruiseskipet «Empress of Canada» som deretter kom tilbake og tok alle norske med til Storbritannia. Samtidig ble det besluttet at alt utvunnet kull skulle brennes for ikke å komme tyskerne til gode. 

Både de allierte og tyskerne trengte værmeldinger for Nordishavet. Dette ble spesielt viktig ble etter at USA og Storbritannia begynte å sende våpen og materiell med de arktiske skipskonvoiene i august 1942. Denne såkalte «lend-lease» trafikken var helt avgjørende for den sovjetiske krigsinnsatsen på østfronten. Disse konvoiene måtte passere havområdene mellom fastlandet og Svalbard og i havner og på flyplasser i det okkuperte Norge hadde nazistene store mengder fly, skip og ubåter for å stanse denne trafikken. 

Både fly og skip er avhengige av været og begge parter trengte derfor værmeldinger. På den tiden hadde man ikke satellitter eller andre måter å overvåke været på. Derfor måtte de ha bemannede værstasjoner på Svalbard for å kunne varsle været i Barentshavet. Tyskerne oppdaget raskt at Svalbard var evakuert i september 1941 og etablerte sin første værstasjon «Bansö» sammen med en flystripe for vinterbruk i Adventdalen like utenfor Longyearbyen.

I mai 1942 kom en liten alliert styrke opp med båtene Isbjørn og Selis for å reetablere seg i Isfjordområdet. Operasjon ble kalt ”Fritham”. Båtene styrken kom opp med ble observert av tyskerne og senket i Grønfjorden. Mange omkom. Blant disse var lederen for operasjonen, direktør for Store Norske, Einar Sverdrup. Resten av styrken etablerte seg i Barentsburg og etter hvert i Longyearbyen. 

Dette førte til at tyskerne i september 1943 iverksatte operasjon «Zitronella», og sendte slagskipene Tirpitz og Scharnhorst til Svalbard. Fra disse skipene ble gruvebyene Barentsburg, Grumant og Longyearbyen skutt i brann. Senere ble også Svea og resten av bebyggelsen ved Van Mijenfjorden ødelagt av en tysk ubåt.  

Etter dette forløp krigen relativt rolig på Svalbard. En liten norsk garnison var fortsatt etablert i Isfjordområdet og hadde en bemanning på 60-120 mann ut krigen. Garnisonen tok i bruk eksisterende hus og hytter, men satte også opp noen egne hytter, en av dem er Fritham innerst i Todalen. Tyskerne flyttet sine værstasjoner lenger vekk for å få ha dem i fred, men hadde hele tiden flere aktive værstasjoner på øygruppa. 

Etter at Øst-Finnmark ble frigjort av sovjetiske styrker i oktober 1944 kom Svalbard med i det storpolitiske spillet uten at noen på Svalbard merket noe til det. Den sovjetiske utenriksministeren Vjatsjeslav M. Molotov krevde ovenfor den norske utenriksministeren Trygve Lie at det etter krigen skulle bli en ny norsk-sovjetisk administrasjon over Svalbard.

Det finnes mange kulturminner som knytter seg til annen verdenskrig, bla avbrente bygningsfundamenter, kanonstillinger, kanoner og rester av tyske fly. 

Det finnes også flere spor etter de tyske værvarslingsstasjonene. Da tyskerne evakuerte Svalbard i 1945 ble det meste brent med unntak av Haudegen på Nordaustlandet. 

Stasjon Haudegen ble oppført i 1944. Plasseringen var, som for alle de tyske værstasjonene, bevisst valgt for å komme lengst mulig unna alliert aktivitet. Mannskapet besto av 11 mann utstyrt for å kunne tilbringe 18 måneder i isolasjon på stasjonen. Mannskapet på stasjonen ble ikke hentet ut før september 1945, flere måneder etter at krigen var over. Haudegen ble forlatt uten ødeleggelser og med en mengde utstyr liggende igjen på stasjonen. 

Hovedbygningen og et uthus står fremdeles. Inne i bygningene og i området rundt ligger store mengder med løse gjenstander fra den tiden stasjonen var i bruk. Disse er fredete kulturminner som verken skal fjernes eller flyttes på. På toppen av bergryggen over stasjonen ligger også restene av en nødradiostasjon, og i området rundt fire depoter og to varder.