I 1907 ble han med som geolog på Gunnar Isachsens vitenskapelige og kartleggingsekspedisjon til Svalbard. Ekspedisjonen var finansiert av Prins Albert I av Monaco. To skip deltok. Isachsens landgruppe besto av leder og kartograf Isachsen, geolog Hoel og botaniker Hanna Dieset, samt to assistenter. Gruppen arbeidet hovedsakelig i det indre av nordvest-Spitsbergen
Hoel dro igjen til Svalbard i 1908 sammen med geolog Gunnar Holmsen. Ekspedisjonen ble finansiert av Universitetet i Kristiania (Oslo) og andre kilder. Underveis sluttet både Hanna Dieset og Hjalmar Johansen seg til ekspedisjonen. Fra nå av ledet Hoel vitenskapelige ekspedisjoner til Svalbard hvert år fram til 1925. Fra 1909 trådte staten inn som medsponsor og ekspedisjonene kom til å bli kjent som De norske statsunderstøttede Spitsbergenekspeditioner (DNSS).
Hele Hoels store arbeidskapasitet ble nå viet til Norges sak i polarområdene, særlig Svalbard. Han hadde sideblikk mot vest og øst i det arktiske området. Med iherdig lobbyvirksomhet hvert år greide Hoel å holde «Svalbardkontoret» sitt gående år etter år. Med sin oversikt og inngående kunnskap om Svalbard ble han en krumtapp i alle polarsaker.
Det vitenskapelige arbeidet til Hoel og Svalbardkontoret kom til stor nytte under forarbeidet til den endelige Svalbardtraktaten. Etter undertegningen ble Hoel satt til å assistere det offisielle arbeidet med å få orden i de mange anneksjonskravene som involverte flere aktører og nasjoner.
Hoel var til stor støtte for fangstredere og fangstmenn på Svalbard. Han var åpen for alle ideer og prosjekter som nordmenn kunne tenke seg å drive. Han var også opptatt av miljøvern og bærekraftig utnyttelse av ressursene. I 1921 leverte han et forslag til både natur- og kulturminnevernreguleringer på Svalbard på oppdrag av Landsforeningen for naturfredning, mens Hanna Dieset bidro med forslag til plantefredning.